Il est soupçonné d’avoir censuré en novembre 2018 une enquête sur le député LREM Francis Chouat, très proche de Manuel Valls. D’après le journal Marianne, ce dernier est directement intervenu auprès de lui pour empêcher la publication de l’enquête.
Les journalistes de Mediapart Karl Laske et Fabrice Arfi soulignent ses prises de positions en faveur d’une thèse favorable à Nicolas Sarkozy dans l’affaire du financement de sa campagne présidentielle par de l’argent libyen. Les journalistes notent qu’il semblerait produire un certain nombre d’articles sur suggestion appuyée d’Alexandre Djouhri, récemment mis en examen dans cette affaire. Ils produisent à cet effet un texte qu’ils attribuent aux magistrats chargés de l’affaire : « Les conversations téléphoniques interceptées entre Alexandre Djouhri et Hervé Gattegno établissent effectivement qu’il lui demande de faire paraître des articles sur des sujets déterminés, notamment l’interview de Bachir Saleh [directeur de cabinet de Kadhafi – ndlr] à Johannesburg […] ; de très nombreuses conversations téléphoniques de 2013 à 2014 établissent la proximité entre les deux individus ; dans ces conversations Alexandre Djouhri n’apparaît nullement comme une source mais comme un donneur d’ordre. »
À la suite d’un article de 2016 pointant ces relations, Hervé Gattegno, après avoir adressé deux droits de réponses à Mediapart, porte plainte le 14 novembre 2017 en diffamation publique contre Arfi, Laske ainsi qu’Edwy Plenel, le directeur de la rédaction de Mediapart. Il gagne en première instance mais perd en appel, puis en cassation le 2 mars 2021.
Le journaliste Hervé Gattegno est depuis le 6 juin témoin assisté dans l’information judiciaire sur la rétractation de l’intermédiaire Ziad Takieddine de ses accusations de financement libyen de la campagne présidentielle 2007 de Nicolas Sarkozy, a appris l’AFP de source judiciaire mardi. Confirmant une information de Libération, cette source a indiqué que l’ex-directeur des rédactions du JDD et de Paris-Match, limogé fin 2021, avait fait l’objet d’un interrogatoire de première comparution devant les juges d’instruction en deux temps, le 10 mai et le 6 juin.
